L’église actuelle de El Salvador a été construite en pierres de taille au XVIIIº siècle sur un autre bâtiment du XIVº siècle, dédié à El Salvador. Il existe une documentation datée de 1336 qui mentionne le temple original. Le bâtiment que trouve aujourd’hui le visiteur contient quelques éléments du bâtiment primitif, comme la tour clocher (érigée en 1646), ainsi qu’une belle façade gotique remarquable par le porche qui l’abrite. On peut accéder à l’intérieur de l’église par deux façades. L'une d'elles présente les inscriptions « IHS » (« Iesus Hominium Salvator »-« Jésus Sauveur des hommes ») et « abadía » (abbaye).

Le bâtiment est assez simple mais offre un grand éventail d'éléments artistiques et architectoniques très intéressants. Sa structure, à nef unique, a été agrandie au cours du temps par la construction de deux chapelles, une de chaque côté et qui donne à l’ensemble une apparence de croix latine. Le temple possède en outre un choeur surélevé qui communiquait jusqu'en 1930 avec le palais de La Clavería, bâtiment adjacent du XIIIº siècle, et qui fut siège du Priorat de Santa Cecilia, appartenant à l'autorité du monastère de San Juan de la Peña pendant plusieurs siècles.

A l’intérieur de l’église les voûtes décorées, au XVIIIº siècle, de peintures à base de consoles, feuilles mortes et angelots, attirent l’attention du visiteur. Le retable du maître-autel date de la fin de ce siècle, une œuvre mixte de peinture et sculpture élaborée sur les modèles de certaines œuvres du monastère de San Juan de la Peña. On a pu constaté que l'oeuvre réalisée en 1767 par l'artiste saragossais Braulio González, faisait référence au « mode français » pour définir son style créatif. Les tableaux reproduisent l’Ascension et le Père éternel.

Le retable de la Vierge du Rosario est une autre œuvre remarquable qui a été réalisée en 1565 par Jorge Erigert de Flandes, un artiste qui résidait à cette époque à Sangüesa en Navarre. Il s’agit d’une œuvre réalisée en bois en suivant les critères esthétiques de la « première Renaissance ». Les reliefs présentent des scènes de la vide de la Vierge.

On peut également trouver l'image romane de Nuestra Señora de la Peña, réalisée au XIIIº siècle, représentant Marie intronisée et couronnée comme reine, avec l’enfant Jésus assis sur ses genoux.