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Asentado sobre las ruinas del Monasterio Nuevo, un sorprendente espacio concebido con los medios del siglo XXI muestra los diferentes aspectos del conjunto de San Juan de la Peña, desde sus orígenes hasta que los monjes tuvieron que abandonar el monasterio en el siglo XIX. En su interior, una original estructura hace que el visitante, caminando por un suelo de cristal, pueda ver bajo sus pies las diferentes dependencias de lo que fue el Monasterio: las habitaciones de servicio, la cocina, la botica, el refectorio, la bodega y la despensa... todas ellas ambientadas con figuras de frailes a tamaño natural, muebles, utensilios, etc., para poder comprender las enormes dimensiones de este monasterio.

El objetivo del Centro es explicar la importancia histórica y cultural de San Juan de la Peña, monasterio alto y bajo, a lo largo de los siglos, tanto en la vertiente política y religiosa, como en la vida diaria de los monjes que habitaron los dos templos durante siglos. Este equipamiento se ha creado en el ala Norte del monasterio nuevo y está distribuido en dos plantas.

En la planta superior, por medio de paneles que se distribuyen por todos los rincones –los hay que están ubicados tras una sección de madera- con diversas formas se muestra la historia más antigua del Monasterio y aquellos otros temas asociados al espacio, como el Camino de Santiago, las leyendas o los mitos. Junto a estos, en una gran vitrina lateral, algunos de los restos arqueológicos artísticos mejor conservados. A los pies, y visibles constantemente a través del suelo transparente, los restos que reflejan la vida de los monjes en este monasterio alto durante el siglo XVII. Esos vestigios han sido reconstruidos y recrean las distintas dependencias que tenían los monjes de San Juan de la Peña.